PRİMER VE SEKONDER ENDODONTİK ENFEKSİYONLARDAKİ BAKTERİYEL MİKROBİYOMUN YENİ NESİL DİZİLEME YÖNTEMİ İLE METAGENOMİK ANALİZİNİN YAPILMASI

Basit Öğe Kaydı
dc.authorid0000-0001-9192-5487
dc.contributor.authorKesim, Bertan
dc.contributor.authorYaşar, Sabiha
dc.contributor.authorSinop
dc.date.accessioned2025-04-16T21:39:55Z
dc.date.available2025-04-16T21:39:55Z
dc.date.issued2023
dc.departmentFakülteler, Diş Hekimliği Fakültesi, Endodonti Ana Bilim Dalı
dc.description.abstractAmaç: Bu çalışmada güvenilir bir biyoinformatik algoritma yardımıyla yüksek verimli dizileme kullanarak primer endodontik enfeksiyonların ve nüks eden endodontik enfeksiyonların kök kanal mikrobiyom profillerinin karşılaştırılması amaçlandı. Gereç ve yöntem: Çalışmaya primer endodontik enfeksiyon (PEE) grubundan 10 ve sekonder endodontik enfeksiyon (SEE) grubundan 10 dişin kök kanal örnekleri olacak şeklide toplam 20 örnek dahil edildi. Örneklerden DNA ekstraksiyonundan sonra Illumina MiSeq platformunda dizileme yapıldı. Çift uçlu Illumina okumaları QIIME 2'ye aktarıldı, DADA2 tarafından oluşturulan amplikon dizi varyantları (ADV'ler) GreenGenes veri tabanına eşlendi. Ağırlıklı UniFrac mesafeleri hesaplandı ve beta çeşitlilik modellerini karşılaştırmak için temel koordinat analizi (PCoA) kullanıldı. Grup farklılıklarını test etmek için çoklu yanıt permütasyon prosedürü (MRPP), benzerlikler analizi (ANOSIM) ve permütasyonlu çok değişkenli varyans analizi (Adonis) gerçekleştirildi. Gruplar arasında farklılık gösteren bol taksonları belirlemek için doğrusal diskriminant analizi etki büyüklüğü (LEfSe) analizleri kullanıldı. Lineer diskriminant analizi (LDA) skor eşiği 4,0 olarak ayarlandı. Bulgular: Gram negatif fakültatif anaerobik Gammaproteobacteria sınıfı içinde; iki takım (Pasteurellales, Vibrionales) ve iki familya (Pasteurellaceae, Vibrionaceae) PEE grubunda önemli ölçüde daha fazla bulunurken, gram pozitif bakteriler; Actinomycetales takımı ve gram pozitif anaerobik taksonlar olarak; bir cins (Olsenella) ve bir tür (Olsenella uli) SEE grubunda önemli ölçüde daha bol olarak tanımlandı. Sonuç: Az sayıda takson için, PEE veya SEE grupları arasında istatistiksel açıdan anlamlı derecede farklı bolluk tespit edildi.
dc.identifier.endpage16
dc.identifier.startpage14
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.14440/1251
dc.institutionauthorKesim, Bertan
dc.language.isotr
dc.publisherSakarya Üniversitesi
dc.relation.ispartof3. Uluslararası Dental Oral Enfeksiyonlar ve 2. Ağız Mikrobiyotası Kongresi
dc.relation.publicationcategoryKonferans Öğesi - Ulusal - Kurum Öğretim Elemanı
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.snmzKA_Kurum_20250417
dc.subjectAmplikon dizi varyantları
dc.subjectMikrobiyom
dc.subjectEndodontik enfeksiyon
dc.subjectYeni nesil dizileme
dc.subjectRetreatment
dc.subject16S ribozomal RNA dizileme
dc.titlePRİMER VE SEKONDER ENDODONTİK ENFEKSİYONLARDAKİ BAKTERİYEL MİKROBİYOMUN YENİ NESİL DİZİLEME YÖNTEMİ İLE METAGENOMİK ANALİZİNİN YAPILMASI
dc.typeConference Object

Dosyalar

Koleksiyon

Diş Hekimliği Fakültesi Koleksiyonu