PRİMER VE SEKONDER ENDODONTİK ENFEKSİYONLARDAKİ BAKTERİYEL MİKROBİYOMUN YENİ NESİL DİZİLEME YÖNTEMİ İLE METAGENOMİK ANALİZİNİN YAPILMASI
[ X ]
Tarih
2023
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Sakarya Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Amaç: Bu çalışmada güvenilir bir biyoinformatik algoritma yardımıyla yüksek verimli dizileme kullanarak primer endodontik enfeksiyonların ve nüks eden endodontik enfeksiyonların kök kanal mikrobiyom profillerinin karşılaştırılması amaçlandı. Gereç ve yöntem: Çalışmaya primer endodontik enfeksiyon (PEE) grubundan 10 ve sekonder endodontik enfeksiyon (SEE) grubundan 10 dişin kök kanal örnekleri olacak şeklide toplam 20 örnek dahil edildi. Örneklerden DNA ekstraksiyonundan sonra Illumina MiSeq platformunda dizileme yapıldı. Çift uçlu Illumina okumaları QIIME 2'ye aktarıldı, DADA2 tarafından oluşturulan amplikon dizi varyantları (ADV'ler) GreenGenes veri tabanına eşlendi. Ağırlıklı UniFrac mesafeleri hesaplandı ve beta çeşitlilik modellerini karşılaştırmak için temel koordinat analizi (PCoA) kullanıldı. Grup farklılıklarını test etmek için çoklu yanıt permütasyon prosedürü (MRPP), benzerlikler analizi (ANOSIM) ve permütasyonlu çok değişkenli varyans analizi (Adonis) gerçekleştirildi. Gruplar arasında farklılık gösteren bol taksonları belirlemek için doğrusal diskriminant analizi etki büyüklüğü (LEfSe) analizleri kullanıldı. Lineer diskriminant analizi (LDA) skor eşiği 4,0 olarak ayarlandı. Bulgular: Gram negatif fakültatif anaerobik Gammaproteobacteria sınıfı içinde; iki takım (Pasteurellales, Vibrionales) ve iki familya (Pasteurellaceae, Vibrionaceae) PEE grubunda önemli ölçüde daha fazla bulunurken, gram pozitif bakteriler; Actinomycetales takımı ve gram pozitif anaerobik taksonlar olarak; bir cins (Olsenella) ve bir tür (Olsenella uli) SEE grubunda önemli ölçüde daha bol olarak tanımlandı. Sonuç: Az sayıda takson için, PEE veya SEE grupları arasında istatistiksel açıdan anlamlı derecede farklı bolluk tespit edildi.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Amplikon dizi varyantları, Mikrobiyom, Endodontik enfeksiyon, Yeni nesil dizileme, Retreatment, 16S ribozomal RNA dizileme
Kaynak
3. Uluslararası Dental Oral Enfeksiyonlar ve 2. Ağız Mikrobiyotası Kongresi
